O Secretariado Conjunto, com sede em Santander (ES), é a única janela do Programa. Assiste a Autoridade de Gestão e o Comité de Acompanhamento na implementação e gestão dos projetos.

As suas tarefas mais importantes são:

• Promover e manter um relacionamento direto e fluido com as entidades beneficiárias dos projetos aprovados.
• Promover e divulgar o Programa a nível transnacional através da execução de tarefas de informação, publicidade e comunicação.
• Garantir a abertura de convocatórias a projetos (receção, construção junto com as Autoridades Nacionais e elaboração de documentos para tomada de decisão pelo Comité de Programação).
• Centralizar a informação sobre a execução física e financeira do Programa.
• Verificar a adequação dos pedidos de pagamento feitos pelo Beneficiário Principal e prepara as propostas de pagamento a serem enviadas pela Autoridade de Gestão e de Certificação.