La Secretaría Conjunta, con sede en Santander (ES), es la ventanilla única del Programa. Asiste a la Autoridad de Gestión y al Comité de Seguimiento en la puesta en marcha y la gestión de proyectos.

Entre sus tareas están:

• Fomentar y mantener una relación directa y fluida con las entidades beneficiarias de los proyectos aprobados.
• Promover y divulgar el Programa a nivel transnacional a través de la ejecución de las tareas de información, publicidad y comunicación.
• Garantizar la apertura de las convocatorias de proyectos (recepción, construcción junto con las Autoridades Nacionales y elaboración de los documentos para la toma de decisiones por el Comité de Programación).
• Centralizar la información de la ejecución física y financiera del Programa.
• Comprobar la adecuación de las solicitudes de pago realizadas por el Beneficiario Principal y preparar las propuestas de pago para ser remitidas por la Autoridad de Gestión a la Autoridad de Certificación.