Le Secrétariat conjoint, basé à Santander (Espagne), est le guichet unique du programme. Il assiste l’autorité de gestion et le comité de suivi dans la mise en œuvre et la gestion des projets.

Ses tâches principales sont :

• Promouvoir et maintenir une relation directe et fluide avec les entités bénéficiaires des projets approuvés.
• Promouvoir et divulguer le programme à l'échelle transnationale à travers l’exécution d’actions d’information, de publicité et de communication.
• Garantir l’ouverture des appels à projets (réception, co-instruction en collaboration avec les autorités nationales et élaboration des documents supports pour la prise de décision du comité de programmation).
• Centraliser l’information sur l’exécution physique et financière du programme.
• Contrôler la conformité des demandes de paiement réalisées par le chef de file et préparer les propositions de paiement pour envoi de la part de l’autorité de gestion à l’autorité de certification