A segunda convocatória do Programa abriu-se para duas prioridades temáticas do Programa, com um orçamento FEDER de 25 milhões de euros, repartido da seguinte forma:

Consulte o texto oficial da segunda convocatória.

• Primeira fase

A primeira fase da segunda convocatória decorreu de 13 a 31 de março de 2017, ambos incluídos. As candidaturas foram co-instruídas pelas Autoridades Nacionais e pelo Secretariado Conjunto para ser posteriormente submetidas a uma primeira seleção pelo Comité de Programação com base nos critérios de admissibilidade e seleção da primeira fase, detalhados na Ficha n.º6 do Guia Sudoe. No final da primeira fase, o Secretariado Conjunto recebeu 357 propostas de projeto. A 12 de julho de 2017 foi publicada a lista de propostas de projetos que superaram a primeira fase, trás a decisão do Comité de Programação, reunido em Madrid a 12 de julho de 2017.

• Segunda Fase

A segunda fase da segunda convocatória  esteve aberta de 12 de julho de 2017 a 31 de outubro de 2017.

Para a fase de admissibilidade, propomos esta lista de verificação e controle. 

• Resultados
  

A 7 de fevereiro de 2018, o Comité de Programação reuniu-se em Lisboa, onde aprovou os projetos da segunda convocatória a projetos. Foram aprovados 21 projetos com um orçamento FEDER de 24.999.363,77 euros (13 projectos no Eixo 1 com um orçamento FEDER de 15.549.855,30 euros e 8 projectos no Eixo 5 com um orçamento FEDER de 9.449.508,47 euros ).