As condições são idênticas às da primeira fase, que figuram no texto oficial da convocatória de projectos, excepto o calendário. 

Para os projectos que estão compostos por mais de duas entidades, estão autorizadas entre uma ou duas alteraçães na parceria, em função do número inicial de parceiros. Para mais informações, é favor consultar o ponto 3.4 da ficha 3.2 do guia Sudoe.

No que respeita ao orçamento, é possível reduzir o orçamento global do projecto, ou alterar a distribuição entre os parceiros sem possibilidade de aumentar o orçamento global do projeto previsto na primeira fase. Estas alterações no entanto deverão respeitar sempre o cumprimento dos montantes fixados no guia Sudoe (100.000€ como orçamento mínimo por entidade ou 5.000 € para uma empresa de categoria IV).

No que respeita os grupos de tarefas e ao calendário, nenhuma alteração é autorizada. O número e a denominação dos grupos de tarefas não pode ser alterado, assim como a duração total do projecto (em meses).

Para as alterações entre as duas fases da convocatória de projectos, é favor consultar o ponto 1.3 da ficha 5.0 do guia Sudoe.

No ponto 1.1.2 da ficha 5.0 do guia Sudoe está disponível informação relativa ao conjunto dos documentos a apresentar na segunda fase, e que são:

• O formulário de candidatura 
• A declaração de responsabilidade e de compromisso
• O calendário do projecto
• O plano financeiro
• A justificação do plano financeiro
• O certificado de contrapartida nacional
• O acordo de colaboração
• A declaração de IVA
• Se for caso disso, a convenção (ou documento similar) de recurso a uma entidade terceira para a realização de uma actividade

O certificado de contrapartida nacional permite justificar a existência de recursos afetos pelas potenciais entidades beneficiárias para a implementação do projecto. É um documento essencial, na medida em que permite demonstrar que os potenciais beneficiários são capazes de adiantar o financiamento para a realização do projecto.

Este documento deve ser assinado pelo representante legal de cada entidade beneficiária e ser fornecido antes do final da segunda fase, com o formulário de candidatura e os outros anexos. Contudo, para certos organismos, como por exemplo as administrações locais, regionais e as estruturas intermunicipais, incluídas na categoria I, a normativa não permite ao representante legal comprometer recursos sem o prévio acordo de uma Assembleia Plenária. Neste caso, convem apresentar igualmente o acordo da referida Sessão Plenária. Se não for possível realizar esta sessão antes do dia 29 de abril, então o representante legal deverá fornecer um certificado antes do encerramento da segunda fase no qual se indique a data da realização da sessão. As entidades devem enviar ao SC, o mais tardar até ao dia 29 de junho, a ata da Sessão Plenária onde conste que a entidade garante a contrapartida nacional.

O recurso a uma convenção com uma entidade terceira deve ser utilizado unicamente em situações excepcionais. Permite a um beneficiário declarar despesas que não pode realizar directamente. A convenção deve respeitar o conteúdo mínimo que figura em anexo do formulário de candidatura, e deve ser colocada à disposição da Autoridade Nacional correspondente durante a fase de instrução das candidaturas, para que o documento possa ser verificado. Se o projecto finalmente for aprovado, o recurso a essa mesma convenção deve figurar no acordo de concessão FEDER.

Não é possível, em nenhum caso, recorrer a uma convenção com uma entidade terceira para substituir um procedimento clássico de prestação de serviços.

No que respeita este tipo de convenção, devem consultar o ponto 1.3 da ficha 8.0 do Guia Sudoe, bem como os exemplos fornecidos no documento "informação complementar" disponível na página de Internet do Programa, como complemento aos documentos do seminário de gestão para os projetos autorizados a passar à segunda fase, que teve lugar em Santander nos dias 16 e 17 de março de 2016.