O principal objetivo do AQUIFER é capitalizar, testar, disseminar e transferir práticas inovadoras para a preservação, monitorização e gestão integrada de aquíferos que ajudem na tomada de decisões sobre a gestão dos recursos hídricos subterrâneos, melhorando a transferência de tecnologia para agentes locais e criar novas sinergias e desenvolver ferramentas comuns num contexto de recursos hídricos escassos e ameaças ambientais.

O principal elemento inovador do AQUIFER é a consideração do problema na sua totalidade: experimentação de ferramentas de gestão da quantidade e qualidade dos componentes da água: gestão de recarga, rede de monitorização e modelação hidrológica. Além disso, deteção, teste e implementação de inovações graças aos três grupos focais vinculados a uma rede de atores e startups no setor de água e à criação de uma ferramenta de apoio à decisão para disseminar boas práticas, criando um site permanente e gratuito para todas as partes interessadas da água.