L'objectif principal d'AQUIFER est de capitaliser, tester, diffuser et transférer des pratiques innovantes pour la préservation, la surveillance et la gestion intégrée des aquifères qui sont utiles lors de la prise de décisions sur la gestion des ressources en eau souterraines, en : améliorant le transfert de technologie vers les acteurs locaux, créant de nouvelles synergies et, développant des outils communs dans un contexte de rareté des ressources hydriques et de menaces environnementales.

Le principal élément innovant du projet AQUIFER est la prise en compte de la problématique dans sa globalité avec l’expérimentation d'outils de gestion sur les composantes quantité et qualité de l'eau : gestion de la recharge, surveillance du réseau et modélisation hydrologique ; détection, test et mise en œuvre d’innovations via les écosystèmes d'acteurs de l’eau des 3 clusters - dont des startups ; et la création d'un outil d'aide à la décision pour diffuser les bonnes pratiques via un site internet permanent et gratuit pour tous les acteurs du secteur de l'eau.